Před rokem 1300 zde byla postavena stará hornická kaplička zasvěcená sv. Panně Barboře, v její těsné blízkosti se v polovině osmdesátých let 14. století začalo se stavbou karneru - dvoupodlažní hřbitovní kaple s kostnicí. Významná etapa historie kaple je spojena s jezuity, kteří byli uvedeni do Kutné Hory r. 1626 a v sousedství začali stavět rozlehlou kolej. Po zrušení řádu (1773) kaple již nebyla využívána a roku 1797 prodávána mnoha majitelům. Pokusy o obnovení kaple se datují od konce 40. let tohoto století. V 90. letech se stav kaple nesmírně zhoršil, ocitla se dokonce na seznamu 100 nejohroženějších památek na světě. V letech 1997-2000 byla provedena rekonstrukce v ceně 20 mil. Kč, která kapli zachránila.